貴州省稅務局公布過一個一波三折的土地增值稅案例，講述一家房地產開發企業由于在土地成本分攤方式選擇上跟稅務機關意見不一致，而經歷復議、一審、二審、再審，最終法院維持了稅務機關的計算結果的案例。案例原文()

　　爭議點：在地產項目土地增值稅清算中，扣除項目成本分攤方式如何選擇。

　　房地產公司主張：對土地成本和開發成本均采取“層高系數法”進行分攤，并提交了稅務師事務所的鑒證報告，依據是《土地增值稅清算管理規程》第二十一條。

　　稅務機關主張：要以建筑面積確定土地增值稅的分攤計算方法，依據是《土地增值稅暫行條例實施細則》第九條。

　　雙方各自依據的法規內容如下：

　　《土地增值稅暫行條例實施細則》第九條納稅人成片受讓土地使用權后，分期分批開發、轉讓房地產的，其扣除項目金額的確定，長沙公司注銷，可按轉讓土地使用權的面積占總面積的比例計算分攤，或按建筑面積計算分攤，也可按稅務機關確認的其他方式計算分攤。

　　《土地增值稅清算管理規程》（國稅發[2009]91號）第二十一條審核扣除項目是否符合下列要求：（五）納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，或者同一項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤共同的成本費用。

　　正如案例分析所說，扣除項目的計算方式是否合理由稅務機關審核認定，《土地增值稅清算管理規程》第二十一條所提到的“合理的分配方式”是針對稅務機關的審核要求，而不是納稅人用來確定分攤方式的依據。

　　而到底房地產企業該用什么分攤方式，按政策規定，可以按占地面積、建筑面積或稅局確認的其他方式，到底什么情況下選哪種方式，目前在國家和廣東省政策層面都沒有標準答案，而這種多選題就會讓納稅人很困惑。

　　廣州市是有明確規定的，規定來源于目前還有效的穗地稅函[2014]175號文：

　　同一個清算單位：按建筑面積分攤

　　不同清算單位：土地成本按各清算單位土地面積分攤；其他共同成本按各清算單位總可售建筑面積比例分攤，不能按可售面積就按土地面積分攤

　　土地、開發成本在分攤方法上的差異會對項目土地增值稅稅負產生較大影響，因此企業選擇分攤方式時不可想當然，要關注地方稅局是否有出臺明確文件。