“三證合一”后，不少企業關心注銷時有涉稅疑點怎么辦。對此，《國家稅務總局關于落實“三證合一”登記制度改革的通知》（稅總函[2015]482號，以下簡稱482號文件）有明確規定。

根據482號文件，“三證合一”后，企業注銷時有涉稅疑點的，可以提供稅務中介服務機構出具的鑒證報告。根據這一規定，企業申報清稅前可委托具備資格的稅務師事務所，審查其生產經營期間的納稅情況，出具《企業注銷稅務登記稅款清算鑒證報告》。企業辦理注銷清稅申請時，附送稅務中介機構涉稅鑒證報告，以此作為企業結清應納稅款、多退（免）稅款、滯納金和罰款的依據。待企業消除疑點或按稅務機關要求補繳稅款、滯納金及罰款后，由稅務機關向納稅人出具《清稅證明》。

在辦理企業注銷稅務登記時，對于能夠提供稅務師事務所出具的《企業注銷稅務登記稅款清算鑒證報告》，且報告內容顯示納稅人近3年（稅務登記時間未滿3年的，從登記之日起計算）無少繳稅款，或雖有少繳稅款但納稅人已依法足額補繳稅款的，主管稅務機關不再進行稅款清算檢查（或評估），長沙代理記賬，由受理部門審核后直接核準注銷登記（正在查處的涉稅違法違章案件的納稅人除外）。