保稅物流中心（B型）與出口加工區均屬于海關特殊監管區域。我國分別在2000年、2004年下發了《國家稅務總局關于印發〈出口加工區稅收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2000]155號）與《國家稅務總局關于印發〈保稅物流中心（B型）稅收管理辦法〉的通知》（國稅發[2004]150號），較為詳細地規定了相關的進出口稅收政策。目前，隨著我國對外貿貿易方式的不斷拓展，其海關特殊監管區域的功能以及試點范圍同樣也面臨著向多樣性與綜合性的方式轉變。2009年3月，我國出臺《國家稅務總局關于保稅物流中心及出口加工區功能拓展有關稅收問題的通知》（國稅函[2009]145號），在原設立的幾家保稅物流中心基礎上，又新增設了天津經濟技術開發區等23家。同時，還將保稅物流功能和開展研發、檢測、維修等業務擴入了出口加工區的經營項目范圍。具體的進出口稅收優惠政策參見以下內容：

　　一、保稅物流中心（B型）進出口稅收政策
　?。ㄒ唬┍６愇锪髦行模˙型）的定義
　　保稅物流中心（B型）（以下簡稱物流中心）是指經海關總署批準，對多家物流企業實施保稅倉儲管理的封閉的海關監管區。如：2004年批準的第一家蘇州工業園區海關保稅物流中心（B型）。在2008年12月份，海關總署、財政部、國家稅務總局、國家外匯管理局又聯合出臺《海關總署、財政部、國家稅務總局、國家外匯管理局關于設立上海西北物流園區等17個保稅物流中心的批復》（署加發[2008]515號），新設立上海西北物流園區保稅物流中心等17個保稅物流中心，基本上涵蓋了國稅函[2009]145號中所列的部分保稅物流中心，這為實現我國自由流通海關特殊監管區域的綜合發展與前景開拓提供了便利條件。

　?。ǘ┍６愇锪髦行模˙型）的稅收政策
　　物流中心外企業報關進入物流中心的貨物視同出口，由海關辦理出口報關手續，簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），物流中心外企業憑出口發票、出口貨物報關單（出口退稅專用）、增值稅專用發票（外貿企業提供）、出口收匯核銷單（出口退稅專用）等憑證，按照現行規定申報辦理出口退（免）稅。

　　物流中心外企業從物流中心運出貨物，海關按照進口貨物的有關規定，辦理報關進口手續，并對報關的貨物按照現行進口貨物的有關規定征收或免征進口環節的增值稅、消費稅。

　　以上物流中心外企業是指具有進出口經營權的企業（包括外工貿公司、外商投資企業和具有進出口經營權的生產企業），長沙工商稅務，以及無進出口經營權委托出口的生產企業。

　?。ㄈ┏隹诒６愇锪髦行模˙型）退（免）稅的貨物范圍
　　1、物流中心外企業銷售給物流中心內企業并運入物流中心供物流中心內企業使用的國產機器、裝卸設備、管理設備、檢驗檢測設備、包裝物料，物流中心外企業憑出口發票、出口貨物報關單（出口退稅專用）、增值稅專用發票、出口收匯核銷單（出口退稅專用）等憑證，可以申報辦理出口退（免）稅。

　　2、對物流中心內企業在物流中心內加工的貨物，凡貨物直接出口或銷售給物流中心內其他企業的，免征增值稅、消費稅。

　　3、對物流中心企業之間或物流中心與出口加工區、區港聯動之間的貨物交易、流轉，免征流通環節的增值稅、消費稅。

　　需要注意的是對物流中心外企業銷售并運入物流中心的貨物，一律開具出口銷售發票，不得開具增值稅專用發票或普通發票。

　　（三）出口保稅物流中心（B型）不予退（免）稅的貨物范圍
　　1、對物流中心外企業銷售給物流中心內企業并運入物流中心供其使用的生活消費用品、交通運輸工具，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），稅務機關不予辦理出口退（免）稅。

　　2、對物流中心外企業銷售給物流中心內企業并運入物流中心供其使用的進口機器、裝卸設備、管理設備、檢驗檢測設備、包裝物料，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），稅務機關不予辦理退（免）稅。?

　　3、對物流中心內企業出口的貨物，不予辦理退（免）稅。?